Важное нововведение Протокола – переход к системе целевых показателей по качеству воды и здоровью населения. Казахстан впервые обязуется устанавливать измеримые стандарты, регулярно отслеживать их выполнение и публиковать результаты в открытом доступе.
Протокол вводит единый подход к охране всех видов водных ресурсов, предусматривает усиление санитарных мер, повышение качества питьевой воды и снижение загрязнения.
Закрепляется принцип "загрязнитель платит", когда финансовую ответственность за предотвращение и уменьшение загрязнения несет сам загрязнитель.