Наталья Годунова занимала должность главы Высшей аудиторской палаты с 28 ноября 2022 года.
Ранее ВАП называлась Счетным комитетом. Наталья Годунова занимала должность главы Счетного комитета с 20 февраля 2018 года.
Трудовую деятельность Наталья Годунова начала в 1993 году экономистом в "Агропромбанке "Орал".
- В 1997-2005 годах работала ведущим специалистом, начальником отдела Западно-Казахстанского территориального комитета управления государственным имуществом и активами, заведующим отделом аппарата акима Западно-Казахстанской области, директором Департамента экономики и бюджетного планирования Западно-Казахстанской области.
- С 2005 по 2006 год – советник-экономист Торгового представительства Республики Казахстан в России.
- В 2006-2009 годах занимала должность советника акима Мангистауской области.
- С 2009 по 2011 год – консультант, заместитель, исполняющий обязанности Торгового представителя Республики Казахстан в России.
- В 2012-2013 годах являлась советником заместителя премьер-министра Казахстана.
- С 2013 по 2015 год занимала должность заместителя акима Кызылординской области, курировала вопросы экономики, финансов и занятости.
- В 2015-2017 годах – секретарь партии "Нұр Отан", член Бюро Политсовета партии "Нұр Отан".
- С декабря 2017 года – член Центральной избирательной комиссии Республики Казахстан.