Айдос Майлыбаев начал трудовую деятельность в органах прокуратуры в 2001 году с должности помощника прокурора города Тараз Жамбылской области.
В разные годы занимал должности прокурора Жамбылского и Панфиловского районов Алматинской области, заместителя прокурора Жамбылской области, первого заместителя прокурора Актюбинской области.
До назначения на новую должность являлся прокурором Акмолинской области более 4 лет.