Холдинг был основан премьер-министром Чехии Андреем Бабишем. Дело направлено в Национальный центр по борьбе с организованной преступностью.
Сторона обвинения проверяет законность выплат из европейского бюджета, которые осуществлялись в период прошлых полномочий Бабиша на посту главы правительства, когда политик сохранял контроль над компанией в нарушение правил о конфликте интересов.
Поводом для разбирательства послужило обращение чешской оппозиции.
Оппоненты Бабиша указывают на бездействие властей, которые не стали взыскивать с холдинга ранее полученные деньги, несмотря на конфликт интересов. Чтобы продолжить получать финансирование от ЕС, премьер Чехии передал Agrofert в доверительный фонд, однако инициаторы разбирательства полагают, что он мог сохранить скрытый контроль над активами.
В самом холдинге Agrofert обвинения отвергают и утверждают, что все средства распределялись в соответствии с законом.
Согласно финансовой отчетности холдинга, в 2024 году Agrofert получила субсидии на сумму 1,6 млрд крон (78,8 млн долларов). В основном эти средства предназначались для обеспечения текущей операционной деятельности, прежде всего в сфере сельского хозяйства. В 2023-м холдингу выделили около 2,1 млрд крон (102,7 млн долларов).